重複の削除は2つの表を比較できないので昨年の表と今年の表をコピーしてべつの表に縦に貼り付けて新しく4列の表を作ります。

また条件付き書式の重複と重複の削除の重複では扱いが違うので条件付き書式の方は参考になりません。

VBAがあるブックの指定csvファイルが対象です。
"test.csv"が対象の場合です。
結果はVBAがあるブックの"Sheet1"です。

Sub sample()
Dim file As String
Dim wb As Workbook
Dim sws As Worksheet
Dim dws As Worksheet
Dim lastRow As Long
Dim r As Long
'
file = "test.csv" '対象のcsv
file = ThisWorkbook.Path & "" & file 'このブックと同じフォルダの対象のcsv
Set dws = Sheets("Sheet1") '結果シート
dws.Cells.Clear '結果クリア
Set wb = Workbooks.Open(file) 'csvを開く
Set sws = wb.Sheets(1) '元データシート
sws.UsedRange.Copy dws.Range("A1") '元データを結果シートにコピー
dws.Range("A:E").RemoveDuplicates Columns:=1, Header:=xlYes '顧客コードで重複削除
dws.Range("A1:G1").Value = Split("顧客コード,顧客名,ランク,,誕生月,来店回数,来店日", ",") '新たな見出し'
lastRow = dws.Range("A" & Rows.Count).End(xlUp).Row 'まとめシートのA列最終行
For r = 2 To lastRow '注目行を2行目からA列最終行まで
sws.Range("A:E").AutoFilter Field:=1, Criteria1:=dws.Range("A" & r).Value '注目行の顧客コードでオートフィルタ
sws.Range("E2:E" & sws.AutoFilter.Range.Rows.Count).SpecialCells(xlCellTypeVisible).Copy '来店日の列で表示しているセルをコピー
dws.Range("G" & r).PasteSpecial Paste:=xlPasteAll, Transpose:=True 'まとめシートのF列注目行から右に行列を入れ替えてペースト
Next
wb.Close False 'csvを保存せずに閉じる
dws.Range("E2:E" & lastRow).Formula = "=TEXT(D2,""yyyy/mm"")" '誕生月
dws.Range("F2:F" & lastRow).Formula = "=COUNT(G2:" & Cells(2, ActiveSheet.UsedRange.Columns.Count).Address(0, 0, 1) & ")" '来店回数
dws.Range("C2:C" & lastRow).Formula = "=LOOKUP(F2,{0,1,10,18,30},{"""",""R"",""S"",""G"",""P""})" 'ランク
dws.Range("C2:F" & lastRow).Value = dws.Range("C2:F" & lastRow).Value 'C:F列の式を値に
dws.Range("D:D").Delete 'D列(誕生日列)削除
End Sub

csvとマージ用.xlsxがあるフォルダが"C:sample"の場合です。
VBAのあるブックと同じフォルダの場合は、
'folder = ThisWorkbook.Path & "" 'このブックのフォルダ(ファイルがあるフォルダ)+""
を有効にしてください。


Sub sample()
Dim folder As String
Dim file As String
Dim dwb As Workbook
Dim dws As Worksheet
Dim rng As Range
Dim dt(1 To 256)
Dim i As Integer

folder = "C:sample" 'ファイルがあるフォルダ+""
'folder = ThisWorkbook.Path & "" 'このブックのフォルダ(ファイルがあるフォルダ)+""
file = Dir(folder & "*.csv") 'フォルダの中の最初のcsvファイル名
If file = "" Then Exit Sub 'csvが無ければ終わり
Set dwb = Workbooks.Open(folder & "マージ用.xlsx") '結果ブックを開く
Set dws = dwb.Sheets("マージ用") '結果シート
dws.Cells.Clear '結果シートクリア
Set rng = dws.Range("A1") '読み込み位置(初期値=A1)
For i = 1 To 256: dt(i) = xlGeneralFormat: Next 'データ形式を全部標準に
dt(1) = xlTextFormat '1列目(A列)文字列
dt(9) = xlYMDFormat '9列目(I列)YMD(年月日)形式の日付
Do While file <> "" 'ファイル名がある間
With dws.QueryTables.Add(Connection:="TEXT;" & folder & file, Destination:=rng) 'csvファイルを読み込み
.AdjustColumnWidth = False
.TextFileParseType = xlDelimited
.TextFileCommaDelimiter = True
.TextFileColumnDataTypes = dt
.Refresh BackgroundQuery:=False
.Delete
End With
If rng.Row <> 1 Then rng.EntireRow.Delete '読み込み位置の行が1でなかったら1行目削除
Set rng = dws.Range("A" & Rows.Count).End(xlUp).Offset(1) '次の読み込み位置
file = Dir '次のファイル名
Loop
dws.Range("I:I").NumberFormat = "yyyy/mm/dd hh:mm:ss" 'I列の書式設定
dws.Cells.RemoveDuplicates Columns:=1, Header:=xlYes 'A列の値で重複削除
dwb.Close True '保存して終了
End Sub