アフターピルを服用した後の出血には、２通りあります。
アフターピルのホルモンの作用による出血＝消退出血と、通常の月経（生理）です。
排卵が起こると、排卵した後の卵胞は直ちに黄体となり，黄体ホルモン(プロゲステロン)を分泌します。黄体の寿命は14±2日と一定していて，排卵後14±2日で黄体ホルモンの分泌は停止し，ホルモンの血中濃度が低下します。すると子宮体内膜は崩壊剝離して月経出血が始まります。
アフターピルは黄体ホルモン剤が主ですから、この時期にアフターピルを服用しても薬の作用は無く、消退出血は起きなくて通常の月経が起こります。
黄体ホルモンの出ていない排卵前の時期の服用であれば、薬で黄体ホルモンを過剰に摂取して子宮内膜を刺激し、黄体ホルモンの減少した時に出血します。これがアフターピル服用3～５日後の消退出血です。
さらに、アフターピルの作用によって排卵が遅延し、排卵の後に通常の月経がはじまります。
すなわち、月経サイクルの中で出血が２度、消退出血と生理が起こるのです。
ただ、一度子宮内膜が流れていますので、出血の量が少なく、短期間で終わることが多いようです。
厚生労働科学研究補助金「子ども家庭総合研究事業」の「緊急避妊の作用機序解明に関する研究」の医師向けの報告書では、緊急避妊薬（アフターピル）の飲んだ時期によっていつ出血が起るのかの報告がされています。
抜粋すると、
１.卵胞期前期
卵胞径11mm以下では、、5～6日後に消退出血が開始した。卵胞発達が抑制され月経が予定日よりも遅れた。
卵胞径11mm以上では、5～6日後に消退出血があったが、卵胞発育は遅延なく継続し、排卵した。
月経予定日付近で月経あり。（つまり、1か月以内に2度出血があることになります）
２０例中、妊娠事例はなし。
２.卵胞期後期
卵胞径16mm以上の発育卵胞では、月経予定日との差が２日以内に出血が起った。
９例中、妊娠事例はなし。
＊消退出血はなし
３.黄体期前期
２１例中、１９例が月経予定日との差が３日以内に出血が起った。
２１例中、３例が、月経予定より５日間早く月経が開始した。
２１例中、１例が妊娠した。
＊消退出血はなし
４.黄体期後期
月経予定日と月経開始日との差が１．５日±0.7日であった。
１８例中、妊娠はなかった。
＊消退出血はなし
ご質問者様の場合、3日後にアフターピルの作用による消退出血が起こっていますので、卵胞期前期での服用だと思われます。
もし排卵が遅延されていれば生理予定日から5~7日ほど遅れて。
遅延が無ければ生理予定日付近で自然生理が起こると思います。
稀に、ホルモンの過剰摂取で生理が飛ぶこともあるようです。
